Korzenie szkoły sięgają 1963 roku wówczas działalność oświatową rozpoczęła Szkoła Przysposobienia Rolniczego o dwuletnim cyklu nauczania. Była to wówczas jedna z pierwszych placówek tego typu w powiecie brodnickim.
Założycielem i pierwszym kierownikiem szkoły był mgr Stefan Küchler, zaś siedziba mieściła się budynku Szkoły Podstawowej (tzw. przybudówkę) przy ul. Kościelnej.
W następnym roku nastąpiło przeniesienie szkoły do budynku położonego przy ul. Mostowej 4. Obiekt ten użytkowany był przez społeczność szkolną w latach 1965-1974. W tym też czasie funkcję kierowników szkoły pełnili Zygmunt Kalinowski (1965-1972) oraz mgr Marian Baliński (1972-1975)
W roku 1972 roku decyzją Wydziału Rolnictwa i Leśnictwa Wojewódzkiej Rady Narodowej w Bydgoszczy SPR przemianowano na Zasadniczą Szkołę Rolniczą. Od tej pory kierownikami szkoły byli ówcześni dyrektorzy i zastępcy Szkoły Podstawowej w Jabłonowie.
Pierwszym dyrektorem ZSR w Jabłonowie Pom. był w roku szkolnym 1975/76 inż. Zbigniew Kowalkowski.
W 1976 roku, po powstaniu Zespołu Szkół Rolniczych we Wroniu, Zasadnicza Szkoła Rolnicza w Jabłonowie stała się filią tej placówki.
Z początkiem roku szkolnego 1977/78 szkołę przeniesiono z Jabłonowa Pom. do odległych o 2 km. Szczepanek do budynku po szkole podstawowej.
Jesienią 1979 roku kierownikiem szkoły został Antoni Stankowski.
1 grudnia 1988 roku kierownikiem ZSR została mgr inż. Barbara Bober. Dzięki jej usilnym staraniom oraz przychylności władz lokalnych i oświatowych w roku 1989 zakupiono na potrzeby szkoły budynek przy ulicy Głównej 22 w Jabłonowie. Po przeprowadzeniu gruntownych prac adaptacyjnych i remontowych w dniu 18 kwietnia 1990 r. szkołę przeniesiono do nowej siedziby.
Kolejnym ważnym wydarzeniem w historii szkoły było powołanie z dniem 1 stycznia 1992 r. samodzielnego Zespołu Szkół Rolniczych w Jabłonowie Pom. (decyzja Wojewody Toruńskiego z 8.VII.1991 r.). Rozpoczął się wówczas nowy etap działalności tej placówki oświatowej.
Dyrektorem Zespołu Szkół Rolniczych została mgr inż. Barbara Bober w skład ZSR wchodziły wtedy następujące szkoły: Liceum Zawodowe o specjalności wiejskie gospodarstwo domowe oraz Zasadnicza Szkoła Rolnicza.
W czerwcu 1995 r. pierwsi absolwenci w historii szkoły złożyli egzamin dojrzałości.
W 1995 r. w miejsce Liceum Zawodowego, wprowadzono Liceum Ekonomiczne, a w 1997 r. w miejsce Zasadniczej Szkoły Rolniczej, Liceum Agrobiznesu.
Od dnia 1 września 2002 r. w Zespole funkcjonuje Liceum Ogólnokształcące oraz Zasadnicza Szkoła Zawodowa, kształcąca uczniów w różnych zawodach.
1 stycznia 2003 r. zmieniono nazwę szkoły z Zespołu Szkół Rolniczych na Zespół Szkół w Jabłonowie Pomorskim. Poszerzona została też oferta edukacyjna, pojawił się nowy typ szkoły – Liceum Profilowane.
W ramach Zespołu Szkół w Jabłonowie Pom. funkcjonują wszystkie typy szkół ponadgimnazjalnych. Przygotowana oferta edukacyjna uwzględnia potrzeby edukacyjne środowiska oraz zmieniającą się rzeczywistość.
Wraz z rozwojem szkoły budynek przy ul. Głównej 22 okazał się za mały by placówka mogła właściwie funkcjonować i spełniać swoje statutowe zadania. Dzięki zaangażowaniu wielu osób, przy finansowym wsparciu Organu Prowadzącego szkołę oraz Ministerstwa Edukacji Narodowej i Sportu, przejęty został budynek przy ul. Nowy Rynek 5, który po gruntownej adaptacji i modernizacji w dniu 1 września 2003 r. został przekazany dla społeczności szkolnej.
Podczas wojewódzkiej inauguracji roku szkolnego 2003/2004 nastąpiło uroczyste otwarcie szkoły połączone z odsłonięciem tablicy pamiątkowej. Uroczystego przecięcia wstęgi dokonali:
Zbigniew Sosnowski – Poseł na Sejm RP
Barbara Hyla-Makowska – Posłanka na Sejm RP
Anna Zawisza – Dyrektor Departamentu Kształcenia Ogólnego, Specjalnego i Profilaktyki Społecznej w Ministerstwie Edukacji Narodowej i Sportu
Romuald Kosieniak – Wojewoda Kujawsko–Pomorski
Wiesława Tomasiak-Wyszyńska – Kujawsko-Pomorski Kurator Oświaty
Waldemar Gęsicki – Starosta Brodnicki
Leonard Kowalski – Wicestarosta Brodnicki
Barbara Bober – Dyrektor Zespołu Szkół
Piotr Błażejewski – Przewodniczący Samorządu Uczniowskiego
Odsłonięcia okolicznościowej tablicy dokonali:
Roman Pytlasiński – Przewodniczący Rady Powiatu Brodnickiego
Piotr Boiński – Przewodniczący Rady Gminy i Miasta w Jabłonowie Pomorskim.